吉首大学学科建设以服务国家战略和区域发展需求为引领，构建了特色鲜明、优势互补的综合性学科体系。学校现拥有体育学、民族学、生态学3个一级学科博士学位授权点，18个一级学科硕士学位授权点，20个硕士专业学位授权类别，形成了覆盖教师教育类、医药生化类、信息与电子类、土建机械材料类、文化创意与传播类、体育艺术与民族文化类、经济与管理类等七大学科专业群的完整布局。

学校学科根基扎实，紧密对接湖南省“4×4”现代化产业体系，获批生物学、化学、民族学、新闻传播学、体育学等5个湖南省高校支撑主导产业学科。拥有湖南省优势特色及重点学科5个，其中体育学为湖南省国内一流建设学科，民族学为湖南省国内一流培育学科。化学、工程学学科稳居ESI全球排名前1%。在教育部第五轮学科评估中，民族学、体育学进入B等级，马克思主义理论、生态学、中国语言文学、化学、工商管理等进入C等级，学科竞争力持续攀升。育人成果显著，现有36个省级以上一流本科专业建设点，其中国家级一流本科专业建设点16个，以及11门国家级一流本科课程、76门省级一流本科课程。

面向“十五五”，学校将以“学科特区”建设为战略引领，重点打造里耶秦简学、区域生态与特色资源利用等前沿交叉领域，实施“文科振兴、理科卓越、工科革新、医科融合”的分类发展战略。通过强化学科专业群与区域产业链的深度融合，推动学科群精准嵌入文化旅游、食品加工、民族医药、绿色矿业等地方主导产业，积极培育人工智能等新的学科增长点，将“学科建在产业链上，论文写在大地上，育人落在就业上”，为区域高质量发展注入强劲动能。

学校始终秉承“以人名校，以业报国”的校训，坚持“立足湘西、面向湖南、辐射全国、服务基层”的办学面向，不断强化“综合性、应用性、民族性、师范性”的办学特色。以“三扩四提”与“三大三小改革”为抓手，持续优化学科生态，致力于培养“品德好、能力强、吃得苦、后劲足”的高素质应用型人才。吉首大学正积极担当武陵山片区高层次人才培养摇篮、经济社会发展智库和科技创新引擎的核心使命，为早日建成特色鲜明的高水平教学研究型综合性大学而不懈奋斗。