党群团组织

• 党委办公室
• 组织部(党校)
• 统战部
• 宣传部(新闻中心)
• 纪委办
• 武装部
• 学生工作部
• 团委
• 校工会
• 校友工作办
• 关工委
• 老年科协
• 体育运动委员会

行政管理单位

• 校长办公室
• 张家界校区党政办
• 发展规划与学科建设处
• 人事处
• 科技处
• 社会科学处
• 教务处(素质教育中心、质量监控与评估办)
• 研究生处
• 财务处
• 后勤管理处
• 征地与基建办公室
• 资产管理处
• 招生就业处
• 审计处
• 监察室
• 保卫处
• 离退休工作处
• 国际合作与交流处
• 实验室与设备管理中心
• 张家界校区总务办
• 张家界校区教科办
• 张家界校区学工办
• 张家界校区综治办
• 张家界校区财务办
• 采购与招投标管理中心

教学科研辅助机构

• 信息网络中心
• 武陵山发展研究院(民族发展研究院)
• 高教研究所
• 学报自然科学版
• 学报社会科学版
• 图书馆
• 档案馆
• 黄永玉艺术博物馆
• 文化教育场馆管理中心

科研机构、学科专业平台

• 湖南省自然与文化遗产研究基地(湖南省高校哲学社会科学重点研究基地)
• 差异与和谐社会研究中心(湖南省高校哲学社会科学重点研究基地)
• 人类学民族学研究所(民族学湖南省优势特色重点学科)
• 武陵山区生态文化与居民健康营造重点实验室
• 武陵山区民族生态文化研究协同创新中心
• 哲学研究所(哲学湖南省重点学科)
• 林产化工工程湖南省重点实验室
• 植物资源保护与利用湖南省重点实验室
• 生态旅游湖南省重点实验室
• 化学实验教学示范中心(国家级)
• 医学虚拟仿真实验教学中心
• 应用经济学湖南省重点学科
• 生态学湖南省重点学科
• 体育学湖南省重点学科
• 生态人类学网
• 湖南省知识产权远程教育平台
• 应用人类学高等研究院
• 产学研网
• 锰锌钒产业技术协同创新中心
• 临床医学专业认证
• 武陵山片区扶贫与发展协同创新中心
• 国防教育研究院（湖南省高校军事训练理论与实践研究基地）
• 锰锌矿业重金属污染综合防治技术湖南省工程实验室
• 矿物清洁生产与绿色功能材料开发湖南省重点实验室
• 杜仲综合利用技术国家地方联合工程实验室
• 武陵山扶贫开发研究中心
• 武陵山地区民族药解析与创制湖南省工程实验室
• 吉首大学-高望界&小溪国家级自然保护区生物专业校企合作人才培养示范基地
• 院士专家工作站
• 大鲵资源保护与综合利用湖南省工程实验室

附属单位

• 第一附属医院(湘西州人民医院)
• 第二附属医院(吉首市人民医院)
• 附属中医院